Najczęstsze problemy związane z umowami wdrożeniowymi IT to niejasności dotyczące zakresu umowy, nieprecyzyjne określenie etapów przebiegu wdrożenia, wadliwa procedura zlecania prac dodatkowych, skutki przekroczenia budżetu, niedochowania terminów, naruszenia zasad ochrony danych osobowych, zasad migracji danych a także problemy związane z odpowiedzialnością w umowie.